فکر تأسیس کانون علم و دین در سال های اول انقلاب اسلامی شکل گرفت. بحث رابطه علم و دین از مباحث بنیادین برای اندیشه های اصولی و حرکتهای اجتماعی می باشد. هم قائلین به عدم جدایی دین و سیاست و هم مخالفین این اندیشه، قبل از هر گونه بحث اثباتی یا سلبی در مورد نقش دین و تفکر الهی در زندگی جمعی بشر، گزیری از تعیین تکلیف در روابط و مناسبات بین این دو مقوله ندارند .
بنابراین لازم است تا به این ریشه ای ترین و قدیمی ترین پرسمان بشر متفکر، رویکرد و زبانی جدید، با بهره گیری از تجربه بشر متفکر در طول تاریخ داشت. علیهذا، کانون علم و دین فعالیت خود را با همکاری اساتید و دانشجویان و علاقمندان به این گونه مباحث شروع نمود.
مبانی اعتقاد به وحدت علم و دین به چندین لحاظ، اعم از لحاظ نظری که با تعمیق در معانی این دو مفهوم به دست می آید و از لحاظ عملی که یادآور روایت نبی مکرم اسلام (صلی الله علیه و آله) است که فرمودند: “العلم و الدین توأمان اذ افترقا احترقا” علم و دین با یکدیگر هستند که اگر از هم جدا شوند میسوزند (می سوزانند).